我科學家獲多年生野生大豆高精度基因組圖譜
本報訊(記者趙秋麗、馮帆 通訊員王靜) 日前,國際植物學領域著名期刊《自然—植物》在線發表了山東農業大學張大健教授課題組在大豆基因組研究領域取得的新成果。該gai團tuan隊dui首shou次ci獲huo得de了le多duo年nian生sheng野ye生sheng大da豆dou的de高gao精jing度du基ji因yin組zu圖tu譜pu,填tian補bu了le大da豆dou屬shu泛fan基ji因yin組zu的de空kong白bai,解jie析xi了le大da豆dou進jin化hua曆li程cheng,高gao效xiao準zhun確que挖wa掘jue了le大da豆dou基ji因yin組zu的de結jie構gou變bian異yi,拓tuo寬kuan了le大da豆dou分fen子zi育yu種zhong可ke利li用yong的de基ji因yin資zi源yuan,為wei大da豆dou遺yi傳chuan基ji礎chu解jie析xi、馴化性狀調控基因挖掘及種質創新提供了重要的理論支撐。
大豆是重要的糧油、飼料兼用作物,在國民經濟發展中具有重要的戰略地位。近年來,我國大豆進口量持續增長,對外依存度超過80%,嚴重威脅我國糧食安全,其種質培育和改良工作迫在眉睫。
然而,從又黑又小的野生大豆到又黃又大的栽培大豆,這個過程中會丟失約70%的基因資源,張大健團隊經過多年科研攻關,最終找到了這一被視為選育大豆高產優質新品種的有效基因靶點的關鍵“70%”。相比一年生野生大豆,多年生野生大豆具有遺傳多樣性豐富、抗病性強、耐旱、耐熱、耐鹽堿等優勢。但由於多年生大豆基因組龐大、重複序列多和高度雜合等特性,一直缺乏高質量染色體級別的參考基因組,更沒有泛基因組圖譜。
近年來,張大健團隊在世界範圍內選取了5個有代表性的二倍體多年生野生大豆品種和1個自然形成的異源四倍體多年生野生大豆進行全基因組測序。綜合利用二代、三代、Hi-C等測序技術,組裝得到了染色體級別的高質量參考基因組,首次構建了多年生野生大豆泛基因組,並鑒定出109827個多年生大豆中的非冗餘基因位點,發現其中約70%的de基ji因yin位wei點dian在zai一yi年nian生sheng大da豆dou亞ya屬shu中zhong丟diu失shi,為wei大da豆dou育yu種zhong提ti供gong了le豐feng富fu的de遺yi傳chuan多duo樣yang性xing基ji礎chu。大da豆dou遺yi傳chuan育yu種zhong學xue家jia孔kong凡fan江jiang表biao示shi,這zhe一yi研yan究jiu不bu僅jin解jie析xi了le大da豆dou進jin化hua曆li程cheng,而er且qie高gao效xiao準zhun確que挖wa掘jue了le大da豆dou基ji因yin組zu的de結jie構gou變bian異yi,為wei大da豆dou的de遺yi傳chuan基ji礎chu解jie析xi、馴化性狀調控基因挖掘及大豆種質創新提供重要的數據支撐。
結(jie)合(he)前(qian)期(qi)研(yan)究(jiu)內(nei)容(rong),針(zhen)對(dui)已(yi)發(fa)掘(jue)的(de)品(pin)質(zhi)和(he)產(chan)量(liang)重(zhong)要(yao)基(ji)因(yin),張(zhang)大(da)健(jian)團(tuan)隊(dui)利(li)用(yong)分(fen)子(zi)標(biao)記(ji)輔(fu)助(zhu)技(ji)術(shu),已(yi)選(xuan)育(yu)出(chu)適(shi)宜(yi)黃(huang)淮(huai)海(hai)地(di)區(qu)種(zhong)植(zhi)的(de)高(gao)產(chan)高(gao)油(you)大(da)豆(dou)品(pin)種(zhong)。目(mu)前(qian)該(gai)品(pin)種(zhong)已(yi)參(can)加(jia)山(shan)東(dong)省(sheng)大(da)豆(dou)區(qu)域(yu)試(shi)驗(yan),表(biao)現(xian)良(liang)好(hao)。
山(shan)東(dong)農(nong)業(ye)大(da)學(xue)莊(zhuang)永(yong)斌(bin)副(fu)教(jiao)授(shou)為(wei)該(gai)文(wen)的(de)第(di)一(yi)作(zuo)者(zhe),山(shan)東(dong)農(nong)業(ye)大(da)學(xue)張(zhang)大(da)健(jian)教(jiao)授(shou)和(he)美(mei)國(guo)普(pu)渡(du)大(da)學(xue)馬(ma)漸(jian)新(xin)教(jiao)授(shou)為(wei)該(gai)文(wen)的(de)共(gong)同(tong)通(tong)訊(xun)作(zuo)者(zhe)。該(gai)研(yan)究(jiu)獲(huo)得(de)國(guo)家(jia)重(zhong)點(dian)研(yan)發(fa)計(ji)劃(hua)、山東省良種工程、泰山學者專家計劃、美國國家科學基金會植物基因組研究計劃等基金的共同資助。
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